建立洁净室中最昂贵和最重要的因素之一是空气控制。洁净室是加压的，并使用先进的过滤器，以除去污染的颗粒。这些空中污染不是洁净室中唯一的环境问题。
湿度控制在洁净室中至关重要。湿度太多可以促进细菌生长。此外，在洁净室中制造的一些产品，如缝合线，是湿气激活的，如果湿度太高，可以开始降解。湿度太少会导致静电。静电是洁净室的主要问题，特别是电子产品。静电放电可以使一些部分无用。此外，对人类的意外静态冲击可以分散工人（他们可以伤害！）
室外空气直接影响洁净室内的湿度水平。找到适当的设备来调整这可能很困难。根据一年中的时间，许多州经历了潮湿和低于冻结的天气。这意味着这些位置的空气过滤器系统必须能够从外面的外部冷却和热空气，因为它进入建筑物时。无论空气是热还是寒冷，温度控制会导致若干问题，包括螺旋冰，可以熔化并导致水损坏。
随着传感器检测湿度的变化，系统将相应地打开和关闭。这通常会为洁净室工作者创造一个不舒服的情况。许多洁净室工作人员抱怨房间太潮湿了或不够;没有快乐的媒介。
洁净室的不适是员工的分心。当一个人被湿度强调时，精神院系受苦。试图调整控件来解决问题只是使其变得更糟。控制器设置为确保湿度在安全范围内，因此改变它们可能是危险的。
由于这一挑战，市场上有许多产品和系统可以帮助温度和湿度控制。它们可以非常昂贵，因此必须了解特定洁净室的需求以及在研究合适控制系统时的未来预算估计。