随着洁净室的不断发展，标准洁净室不再总是最好的选择。许多公司发现模块化设计最适合他们的需求。模块化洁净室提供了更多的灵活性，几乎没有干扰，而且成本通常低于传统的洁净室。然而，它们并不总是合适的。这里有一些赞成和反对这个选择。
优点
模块化洁净室的最佳特点之一是灵活性。它们几乎可以在任何地方建造，可以拆卸、重新组装、重新设计，还可以从一个地方搬到另一个地方。这对计划扩张的公司尤其有利。随着公司业务的发展，洁净室可以改变大小和形状，或者根据需要搬迁。
这种结构可以在任何地方建造，比如停车场、地下实验室和现有的洁净室附近。根据MaryBeth DiDonna的文章，“构建模块化洁净室的案例”控制环境在美国，英特尔需要一个“即插即用”的洁净室，“它必须能够在停车场里，并且所有的基础设施都建在那个房间里。”
至于地下设施，黑山州立大学最近宣布计划建立一个新的地下实验室。控制环境发布了新闻稿，“学院要建设地下校园和无尘室”。文章称，“地下校园将包括一个洁净室，允许学生和教师进行各种研究项目，包括低本底计数物理实验。该园区还将容纳生物和地质等其他实验，并提供设备存储。”
小型模块化系统通常不需要专业人员来组装它们。它们是预先设计和预制的，因此设施可以自己建造洁净室。此外，可以在不中断构建它们的业务的日常流程的情况下构建它们。
为了让它更完美，这些符合流程的模块是节能的。
缺点
也许模块化洁净室最大的缺点是它的长度限制。一个典型的模块化系统跨度约20英尺。当它需要覆盖更大的空间时，一根柱子需要位于房间的中央。这对于一个有一根柱子要去的大设备的空间来说是不合适的。在某些情况下，洁净室制造商可以专门设计一个系统来适应这种情况，但这可能并不划算。
窗户和门的规格还可能存在其他潜在的缺点。模块化洁净室没有一刀切的选择。房间压力、交通模式和门的摆动方向都是模块化设计面临的挑战。
虽然这里列出的优点比缺点要多，但这个决定实际上取决于应用程序。咨询洁净室制造商，讨论模块化洁净室是否适合您的设施。